Der Alpnachersee liegt auf dem Gebiet der Gemeinden Alpnach im Kanton Obwalden sowie Stansstad und Ennetmoos im Kanton Nidwalden. Obwohl als solcher bezeichnet ist er im eigentlichen Sinne kein See sondern nur ein Nebensee des Vierwaldstättersees. Die Länge des Alpnachersees beträgt knapp fünf Kilometer und die Breite etwa 1,5 Kilometer. Der Zentralschweizer See liegt auf einer Höhe von 424 Metern über Meer.