Der Gübsensee befindet sich am Westrand der Stadt St. Gallen an der Kantonsgrenze zu Appenzell Ausserrhoden. Der Stausee liegt auf einer Höhe von 682 Metern über Meer. Der Stadtsee wird von der Urnäsch und von der Sitter gespiesen. Die Sitter fliesst aus dem Kleinsee auch wieder hinaus. Der Gübsensee ist mehr als ein Kilometer lang und etwa 200m breit.
Der See ist ein für die St. Galler Bevölkerung wichtiges Naherholungsgebiet. Nicht nur am Wochenende bevölkern Jogger, Familien und Spaziergänger den Gübsensee. Im See kann gebadet werden, allerdings nur im markierten, hinteren Teil des Sees. Am See kann auch gefischt werden.